Đầu thế kỷ 19, chùa được ông bà Bùi Công Đạt bắt đầu xây dựng. Năm 1849, Hòa thượng Thích Huệ Đăng ở chùa Giác Lâm (Gia Định) về trụ trì đã tổ chức xây dựng thành ngôi đại tự và đặt tên là chùa Vĩnh Trường với ngụ ý ước cho chùa được "Vĩnh cửu đối sơn hà, trường tồn tề thiên địa". Người dân vùng lân cận đến nay vẫn quen gọi là chùa Vĩnh Tràng.

Năm 1907, Hòa thượng Chánh Hậu đã cho trùng kiến ngôi chùa, pha hòa cả nét kiến trúc Á - Âu.